カントーよりもずっと北の地方、シンオウ地方。
　　　　未開の地がまだ多いこの地のある一角に、８つのポケモン村が存在した。
　　　　ある時、その内の一つの村へと異界の人間が迷い込んで──。

　第一部　「出遭い」

　　第1章　「予感」　　　　　-全ての始まりを告げる予兆-　
　　第2章　「出遭い」　　　　　-2つの世界、接点の無かった3人の運命が交わり合う-　
　　第3章　「飛翔」　　　　　-やって来た世界は余りにも広くて-
　　第4章　「目覚めた小さな炎」　　　　　-混乱の最中に目覚めた力-　
　　第5章　「ポケモンサポーター」　　　　　-“呼ばれた”理由-　
　　第6章　「ポケモン化身契約」　　　　　-その身を彼らと同じ姿に-　

　第二部　「トラウマ」

　　第7章　「ＢＴ」　　　　　-ポケモン村のバトルチーム-　
　　第8章　「黒歴史」　　　　　-ポケモン村に隠された哀しい歴史-　
　　第9章　「森のざわめき」　　　　　-二人の隠し事-
　　第10章　「浮いた存在」　　　　　-少しでも近付きたくて-　
　　第11章　「無意識で」　　　　　-近い場所に居た同族-　
　　第12章　「夜の宴」　　　　　-村のポケモンたちが集まる時-
　　第13章　「余所者」　　　　　-帰ってきた巨人-　

　第三部　「試練」

　　第14章　「欠けたモノ」　　　　　-レギュラーの突然の事故-　
　　第15章　「キッカケ」　　　　　　　　-“二人”を託された訳-　
　　第16章　「選考会　その一」　　　　　　-試練の幕開け-　
　　第17章　「選考会　その二」　　　　　-一次選考の行方-　
　　第18章　「選考会　その三」　　　　　-意地と意地-　
　　第19章　「選考会　その四」　　　　　-闘いにかける想い-